정상적으로 비뇨생식기관에는 많은 종류의 세균이 존재하는데 이 세균들은 부단히 소변이나
점액의 흐름 또는 미세섬모운동에 의해 외부로 밀려나가게 되며 혹시 점막에 세균이 부착되어도
염증반응을 일으키지 않고 세균의 증식과 외부로의 배출이 상호간에 균형을 이루면서 다른
병원서 미생물의 발호를 막고 있다.
그러나 병원성이 강한 임균이나, 클라미디아 트라코마티스가 성관계등으로 침범하거나 기계적
자극 등에 의해 상피가 손상되어 있을 때는 미생물이 부착 과정을 거쳐 상피하층에 쉽게
전이증식을 일으켜 조직반응을 야기하는데 이것이 염증이다.

성교전파성질환자는 간혹 수치심으로 인해 정확한 병력을 말하지 못하는 경우가 있으므로
환자를 부드럽게 유도해야 한다. 신체검사 역시 이 점에 유의해야 하며, 외 요도구에 비정상
적인 분비물이 있는지 여부, 음경 귀두 포피 상태를 관찰하고 필요하면 확대경을 이용하여
편평형 사마귀 유무를 관찰해야 한다. 특히 요 검사에서 소변채취 시기를 정확하게 정해야
하는데 요도염 판별을 위해서는 아침 기상 후 첫 소변, 또는 배뇨 후 적어도 4시간 경과 후의
소변을 얻는 것이 바람직하다.